קבוצות המחקר באסלאם מאחדות חוקרים וחוקרות בכירים בתחום חקר האסלאם, ומתמקדות בלימוד תיאורטי ואמפירי של האסלאם בהקשר הישראלי. המחקר עוסק בתיאולוגיה אסלאמית, בהנהגה דתית, במבנים קהילתיים וביחסי דת, חברה ופוליטיקה. הקבוצות משלבות ניתוח טקסטואלי של מקורות קלאסיים ועכשוויים עם מחקר שדה ודיאלוג עם שחקנים רלוונטיים. במהלך השנה צפוי לצאת גיליון מיוחד שירכז את תוצרי המחקר של הקבוצה, וישקף את העומק והגיוון של הדיון המחקרי שנוצר במסגרתה.