ניר מתמחה בהתקבלותן של דמויות מקראיות, רעיונות ספרותיים ומושגים דתיים, במדרש ובפרשני ימי הביניים, בארצות הנצרות והאסלאם כאחד. הוא להוט אחר השיח הבין-דתי שלרוב מניע התפתחויות אינטלקטואליות במקורות אלה. בתוכנית "עולמות שזורים" הוא יבחן את דמות האל במדרשי התנחומא כעדכון לאור האסלאם הקלאסי בארץ ישראל-פלשתינה.